Fréttir
  • Þorskur í eldiskvíum
    Eldisþorskur

Erfðagreiningar á þorski

17.7.2007

Prokaria, líftæknideild Matís (Matvælarannsókir Íslands) hefur tekist að þróa aðferð sem hægt er að nota til erfðagreiningar á þorski. AVS sjóðurinn hefur styrkt þetta verkefni undanfarin ár.

Tilgangur verkefnisins var að búa til öflug erfðagreiningasett fyrir þorsk. Mikil þörf var fyrir gott greiningasett til erfðagreininga á þorski, sem nýtist fyrir rekjanleika á afkvæmum til foreldra í kynbótastarfi, vegna stofngreininga í stofnvistfræðirannsóknum, upprunagreininga eða vegna hugsanlegra vörusvika.

Í erfðaefni (DNA) allra dýra eru endurteknar stuttraðir (microsatellites) sem ekki hafa neinn þekktan tilgang. Breytileiki finnst á milli einstaklinga í þessum stuttröðum sem nýtist vel til rannsókna á skyldleika. Þessar endurteknu stuttraðir köllum við erfðamörk. Búið var að lýsa 24 slíkum erfðamörkum í þorski þegar þetta verkefni hófst. Það er þó ekki gefið að erfðamörkin séu nýtileg þegar rannsaka á mikinn fjölda sýna. Í ljós kom að aðeins fjögur þessara erfðamarka nýttust í þeim tilgangi hjá Matís (Prokaria).

Markmið verkefnisins var að þróa ný erfðamörk fyrir þorsk sem hægt væri að setja saman í svokallað erfðamarkasett. Nauðsynlegt þykir að hafa um 10 erfðamörk í foreldragreiningar og helst um 20 erfðamörk í stofn- og upprunagreiningar. Í verkefninu var hluti af erfðamengi þorsksins raðgreindur. Valin voru svæði með sérstakri auðgunaraðferð sem þróuð var hjá Prokaria.

Á þann hátt mátti veiða út svæði í erfðaefninu sem innihéldu hlutfallslega mikið af endurteknum stuttröðum. Þessi svæði voru síðan raðgreind. Alls voru 7000 raðgreiningar gerðar í þessum tilgangi. Þar sem hentugar stuttraðir fundust voru hönnuð erfðamörk sem prófuð voru á úrtaki af þorskum. Í verkefninu voru 118 erfðamörk prófuð. Ef erfðamörkin þóttu uppfylla þær kröfur sem gerðar voru til þeirra voru þau prófuð á stærra úrtaki af þorskum úr ýmsum höfum og að lokum voru notuð 300 sýni frá þremur mismundi sýnatökusvæðum til að prófa erfðagreiningarsettið endanlega.

Það var markmið rannsóknarhópsins að búa til tvö greiningarsett sem hvort um sig innihéldi 10 erfðamörk sem hægt væri að magna upp í einu hvarfi. Það tókst að búa til mörg nothæf erfðamörk og voru 19 þeirra sett saman í tvö greiningarsett. Annað greiningarsettið er með 10 erfðamörk sem búið er að prófa á mikinn fjölda þorsksýna. Hitt settið er með 9 erfðamörkum en eitt þeirra datt út á seinni stigum í þróuninni. Stofnerfðafræðingar Hafrannsóknastofnunarinnar hafa gert tilraunir og greiningar á þeim tveim erfðamarkasettum sem tilbúin eru.

Að auki eru mörg nothæf erfðamörk til hjá Matís (Prokaria) sem ekki eru komin inn í greiningarsett en sem hægt er að nota sem stök erfðamörk.

Segja má að verkefnið hafi gengið afar vel og að markmiðin hafi náðst. Dr. Sigurlaug Skírnisdóttir sérfræðingur hjá Matís (Prokaria) vann þróunarvinnuna í þessu verkefni og stýrði vinnunni en margir komu að henni. Matís ohf hefur þegar hafið nýtingu á greiningarsettunum og hafa ýmsir aðilar bæði innlendir og erlendir notfært sér þá þjónustu sem Matís (Prokaria) býður upp á í erfðagreiningum á þorski.

Auk þess að búa til hagnýtt tæki til rannsókna á þorski hefur verkefnið skilað þjálfun nemenda á framhaldsstigi háskóla, birt hefur verið vísindagrein í ritrýndu vísindatímariti og unnið er að því að verja uppgötvunina með einkaleyfi.

Tilvísunarnúmer AVS: R 009-05

Til baka Senda grein

header8


Útlit síðu:

Þetta vefsvæði byggir á Eplica