Hverra þorska ert þú væni?
Mikil þörf er fyrir gott erfðagreiningasett á þorski sem nýtist við rekjanleika á afkvæmum til foreldra í kynbótastarfi, vegna stofngreininga, upprunagreininga og vegna tegunda- og upprunagreiningar á eggjum og lirfum í sjó eða vegna vörusvika á mörkuðum.
Arfgerðargreining felst í að nota svonefnd erfðamörk en það eru ákveðnar DNA raðir sem eru á einhvern hátt greinanlegar í erfðamenginu. Algengast er að nota erfðamörk sem byggjast á endurteknum stuttröðum (microsatallites eða örtungl) sem vitað er að séu breytilegar á milli einstaklinga sömu tegundar. Sitthvoru megin við þessi svæði eru búnir til DNA vísar sem notaðir eru í ferli sem kallað er PCR mögnun (Polymerase Chain Reaction). PCR mögnun er gerð á erfðaefni allra einstaklinga sem á að rannsaka og í þessu ferli myndast mislangir DNA bútar sem eru svo greindir. Yfirleitt þarf að nota 8-10 erfðamörk til foreldragreininga og um 20 til stofn- og upprunagreininga.
Erfðafræðivinna í þorski er enn mjög takmörkuð og við upphaf fyrra verkefnisárs höfðu einungis verið birt 24 stuttraða erfðamörk fyrir þorsk. Þau hafa öll verið prófuð hjá Prokaria rannsóknum. Niðurstaðan varð sú að aðeins fjögur erfðamörk virkuðu vel í þeirri uppsetningu sem notuð er á rannsóknastofunni og sýndu nægilegan fjölbreytileika í íslenska þorskstofninum. Flest féllu út vegna þess að þau voru of einsleit og þess vegna vantar ný og góð erfðamörk. Markmiðið er í fyrsta lagi að þróa 10 erfðamarka sett til að nota í kynbótastarfi á eldisþorski og í öðru lagi 20 erfðamarka sett til upprunagreininga á villtum þorski.
Unnið við raðgreini hjá Prokaria
Í þessu verkefni hafa verið búin til mismunandi genasöfn úr þorski, genasöfnin raðgreind, leitað að góðum endurteknum stuttröðum í raðgreiningunum og búnir til vísar sitthvorum megin við endurteknu stuttraðirnar (erfðamörk). Gæði og breytileiki þessara erfðamarka hafa verið prófuð innan íslenska þorskstofnsins, auk samanburðar við erlenda þorskstofna. Þessi vinna hefur nú þegar skilað árangri. Nokkur af þessum erfðamörkum sem Prokaria hefur hannað og prófað eru mjög góð og er eitt þegar komið í notkun við foreldragreiningar hjá Prokaria. Einnig er búið er að keyra 9 erfðamörk til stofngreininga á 240 sýnum úr þremur mismunandi sýnahópum (tveir sýnahópar frá Íslandi og einn frá Eystrasalti) og niðurstöður þeirra rannsóknar hafa verið birtar í erlendu vísindariti .
http://www.blackwell-synergy.com/doi/abs/10.1111/j.1471-8286.2005.01223.x
Verið er að vinna áfram að góðum nothæfum erfðamörkum fyrir íslanska þorskstofninn en einnig verða þau prófuð á öðrum þorskstofnum.
Verkefnisstjórar og umsjónarmenn Prokaria rannsókna eru Dr. Sigríður Hjörleifsdóttir og Dr. Guðmundur Óli Hreggviðsson. Dr. Sigurlaug Skírnisdóttir hefur unnið rannsóknarvinnuna fyrir hönd Prokaria. Verkefnisstjórar og umsjónarmenn Hafró eru Dr. Anna Kristín Daníelsdóttir og Dr. Christophe Pampoulie. Klara Björg Jakobsdóttir hefur unnið rannsóknarvinnuna fyrir hönd Hafró.